Thử thách của Liêu Hà Trinh trong đêm chung kết là dẫn một chương trình giao lưu với nam ca sĩ Đàm Vĩnh Hưng. Để giới thiệu hành trình đến với âm nhạc đầy chông gai và cũng không ít kỳ thú của Đàm Vĩnh Hưng, Liêu Hà Trinh đã đưa khán giả quay ngược thời gian về 20 năm trước khi anh vẫn còn là một anh thợ cắt tóc mê ca hát và ước mơ được làm ca sĩ.
Vào vai một cô gái đến tiệm cắt tóc và bằng cuộc tán gẫu khá tự nhiên, Liêu Hà Trinh đã khiến Đàm Vĩnh Hưng thẳng thắn, hài hước chia sẻ những câu chuyện của mình như chuyện anh đã từng thi rớt rất nhiều cuộc thi ca hát, chuyện anh thần tượng Đan Trường và việc từng tự hát, tự thu vào băng cassette để mở cho khách nghe trong lúc cắt tóc,…
Vị trí Á quân của bảng thuộc về Quang Bảo – thí sinh đã từng tạo nên hiện tượng trên mạng xã hội với câu chuyện về người yêu cũ và ngã ba đường. Trung thành với lối dẫn nhẹ nhàng, cảm xúc, tiết mục của Quang Bảo tuy không bùng nổ, hoành tráng nhưng lại mang đến nhiều cảm xúc cho người xem.
Với khách mời là một nhân vật gạo cội của sân khấu như NSƯT Thành Lộc, Quang Bảo chọn cho mình cách dẫn đĩnh đạc, từ tốn, song anh còn thiếu chút điểm nhấn. Trích đoạn trong vở kịch Tía ơi, má dìa! (tác giả Minh Ngọc – Minh Phương, đạo diễn Vũ Minh) được NSƯT Thành Lộc thể hiện trong chương trình cũng khiến người xem cảm động. Giải thưởng mà Quang Bảo nhận được là 50 triệu đồng tiền mặt.
Ở bảng Tiềm năng, trước khi bước vào phần thi quyết định, hai thí sinh Phụng Yến và Phong Linh được đánh giá là khá ngang tài ngang sức và mỗi thí sinh đều có ưu thế riêng. Kết quả phụ thuộc vào sự tỏa sáng trong thử thách cuối cùng của cuộc thi.
Với thử thách dẫn chương trình gameshow hài trinh thám mang tên Điệp vụ đối đầu – một chương trình mới của Đài truyền hình TP.HCM phối hợp với truyền thông Khang sản xuất, sẽ lên sóng vào năm 2017, Phụng Yến đã cho khán giả thấy sự lột xác của cô trong một hình ảnh mới, năng động và khỏe khoắn hơn. Khả năng biên tập và dàn dựng khá nhịp nhàng, liên tục giữa MC và hoạt cảnh hài giúp cho tiết mục dự thi của Phụng Yến hấp dẫn, lôi cuốn, nhận được nhiều tràng pháo tay của khán giả.
Phần hoạt cảnh hài với sự tham gia của các diễn viên đang được nhiều khán giả yêu thích như Khả Như, Puka, Anh Tú, Lạc Hoàng Long, Quang Trung, Minh Dự…cũng đã mang đến nhiều tiếng cười cho khán giả. Với tiết mục này, Phụng Yến trở thành chủ nhân của giải Én Vàng bảng Tiềm Năng và phần thưởng của cô là 100 triệu đồng tiền mặt.
Với thử thách dẫn chương trình talkshow giao lưu cùng với nữ doanh nhân trẻ Tống Khánh Linh (Helly Tống, 21 tuổi) – người sáng lập và điều hành The Yên Concept, vợ chồng Cơ Liêng Rolan và Joshua Guikema – chủ thương hiệu K’Ho Coffee và tiến sĩ tâm lý Trần Hữu Đức về chủ đề Khởi nghiệp, Phong Linh có phần áp lực trong việc chuyển tải nhiều thông điệp, dẫn đến việc cô nói quá nhiều thay vì để khách mời chia sẻ nhiều hơn. Cô giành giải Én Bạc ở bảng Tiềm năng với phần thưởng là 50 triệu đồng tiền mặt.
Đêm chung kết xếp hạng Én vàng 2016 còn có sự tham gia của nữ ca sĩ Thanh Hà. Chị thể hiện liên khúc gồm 3 ca khúc: Để gió cuốn đi – Yêu đời yêu người – Cám ơn đêm nay. Mỗi ca khúc được giới thiệu bởi 1 giám khảo, gồm: Phước Lập, Trác Thúy Miêu và NSƯT Vũ Thành Vinh.